Tên của thành phố được cho là bắt nguồn từ sông Motława,[5] tên gốc của nhánh sông Motława trên đó thành phố được dựng lên. Gdańsk và Gdania được coi như các từ phái sinh từ tên Gothic của khu vực (Gutiskandja),[6] tuy nhiên đây cũng là vấn đề chưa chắc chắn.[7] Cũng giống như nhiều thành phố vùng Trung Âu khác, Gdańsk cũng có nhiều tên suốt chiều dài lịch sử của nó.

Tên của một nơi định cư được ghi sau cái chết của St. Adalbert năm 997 sau Công Nguyên là urbs Gyddanyzc[8] và sau đó được viết là Kdanzk (1148), Gdanzc (1188), Danceke[9] (1228), Gdansk (1236, 1454, 1468, 1484, 1590), Danzc (1263), Danczk (1311, 1399, 1410, 1414–1438), Danczik (1399, 1410, 1414),[8] Danczig (1414), Gdąnsk (1636).

Trong tiếng Ba Lan tên hiện đại của thành phố này được phát âm là [ˈɡdaɲsk] (nghe). Trong tiếng Anh (dấu phụ trên chữ "n" của tiếng Ba Lan bị bỏ đi) thì đọc là /ɡəˈdænsk/ hoặc /ɡəˈdɑːnsk/.

Trong phần lớn lịch sử của thành phố, đa số cư dân là người nói tiếng Đức, họ gọi thành phố là Danzig [ˈdantsɪç]  ( nghe). Tên này cũng được dùng trong tiếng Anh[10] cho tới khi chấm dứt Chiến tranh thế giới thứ hai, và vẫn còn được dùng trong các ngữ cảnh lịch sử. Các dạng tiếng Anh cũ của tên này là Dantzig, Dantsic và Dantzic.

Trong tiếng Kashubian thành phố được gọi là Gduńsk. Tên tiếng Latin của thành phố thì hoặc là Gedania, Gedanum hay Dantiscum; tính chất bất đồng trong tên tiếng Latin phản ánh ảnh hưởng pha trộn của tên thành phố kế thừa từ tiếng Ba Lan, tiếng Đức và tiếng Kashubian.

Các tên lễ nghi

Trong các dịp đặc biệt, thành phố cũng được đề cập tới như "Thành phố Hoàng gia Ba Lan Gdańsk" (tiếng Ba Lan Królewskie Polskie Miasto Gdańsk, tiếng Latin Regia Civitas Polonica Gedanensis, tiếng Kashubian Królewsczi Polsczi Gard Gduńsk).[11][12][13]

Những người Kashubians cũng dùng tên "Thành phố thủ đô Gdańsk" (Nasz Stoleczny Gard Gduńsk) hoặc "Thành phố thủ đô Gdańsk của người Kashubian" (Stoleczny Kaszëbsczi Gard Gduńsk).